Βορειοανατολικά της Ελαφονήσου, μέσα στο απέραντο γαλάζιο, ξεπροβάλλει ένα μικρό νησάκι, το Παυλοπέτρι. Το νησάκι αυτό με μια δεύτερη βραχονησίδα σε πολύ μικρή απόσταση και η ακτή της Πούντας σχηματίζουν ένα τρίγωνο μέσα στο οποίο βρίσκονται τα κατάλοιπα ενός βυθισμένου οικισμού.

Το νησί αυτό κατοικήθηκε πρώτη φορά περίπου στα 4500 π.Χ. Σύμφωνα με τις έρευνες είναι μία από τις αρχαιότερες βυθισμένες πολιτείες στον κόσμο. Περιλαμβάνει ολόκληρες κατόψεις κτιρίων, αυλές, δρόμους και τάφους. Κάτι σπάνιο που παρουσιάζει το Παυλοπέτρι είναι ότι η τοποθεσία δείχνει συνεχής κατοίκηση από το 3.000-1.100 π.Χ. Έχουν επίσης βρεθεί κομμάτια πιθαριών και υφαντικά βαρίδια τα οποία επιβεβαιώνουν ότι στην περιοχή υπήρχε εμπορική δραστηριότητα. Τα κεραμικά θραύσματα που βρέθηκαν δείχνουν ότι έχουν επιρροές από μινωικά, κυθηραϊκά, κυκλαδικά και λακωνικά πρότυπα.

Ο υποθαλάσσιος αυτός οικισμός είναι προσιτός στους επισκέπτες. Το βάθος του νερού δεν ξεπερνά τα 3 μέτρα και η διαύγεια του νερού δίνουν την δυνατότητα στον επισκέπτη να περιηγηθεί στον χώρο με ένα ζευγάρι βατραχοπέδιλα και μια μάσκα.

Τα ευρήματα που έχουν βρεθεί σε αυτόν τον οικισμό εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Νεαπόλεως. Επίσης, υπάρχουν δύο Πίθοι στο Αρχαιολογικό Μουσείο της Πύλου.

Ο οικισμός του Παυλοπετρίου ανακαλύφτηκε για πρώτη φορά από τον γεωλόγο Φωκίωνα Νέγρη το 1904. Εκείνη την εποχή όμως δεν αναγνωρίστηκε η σπουδαιότητα της ανακάλυψής του. Το 1967, ο ωκεανογράφος ανακάλυψε ξανά τα ερείπια του βυθισμένου οικισμού. Για πολλά χρόνια μετά οργανώθηκαν διάφορες αποστολές εξερεύνησης της περιοχής.

Το 1968 το Παυλοπέτρι κηρύχθηκε ως αρχαιολογικός χώρος. Το 2009 ξεκίνησε ένα πρόγραμμα για να σκιαγραφήσει την ιστορία και την εξέλιξη του καταποντισμένου οικισμού. Υπεύθυνοι ήταν η Εφορεία Ενάλιων Αρχαιοτήτων σε συνεργασία με μια ομάδα αρχαιολόγων και δυτών από το Πανεπιστήμιο του Nottingham και με τη Βρετανική Σχολή Αθηνών.

Χαρτογράφησαν λοιπόν πάνω από 9.000 τ.μ. νέα κτιριακά συγκροτήματα. Η έρευνα του 2009 έφερε στο φως νέα στοιχεία κεραμικής που έδειξαν ότι η περιοχή κατοικήθηκε για πρώτη φορά στην Τελική νεολιθική περίοδο και όχι στην Πρωτοελλαδική ΙΙ όπως πίστευαν μέχρι τότε.

Η πρώτη ανασκαφή στον οικισμό έλαβε χώρα το 2011.